forked from ytye/PnpProbs
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Expand file tree
/
Copy pathMSAReadMatrix.h
More file actions
149 lines (131 loc) · 11.1 KB
/
Copy pathMSAReadMatrix.h
File metadata and controls
149 lines (131 loc) · 11.1 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
/////////////////////////////////////////////////////////////////
// MSAReadMatrix.h
//
// Specifies scoring matrices and their structure
// for global pair-HMM with partition function
/////////////////////////////////////////////////////////////////
#ifndef _MSA_READ_MATRIX_H
#define _MSA_READ_MATRIX_H
typedef struct {
char monomers[26]; /* amino or nucleic acid order */
float matrix[676]; /* entries of the score matix, 26*26=676 */
} score_matrix;
//default protein sequence scoring matrix as well as default scoring matrix of the PROBALIGN
//also used when -prot option is used
score_matrix gonnet_160 = { "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
{ 4.6, 0.0, 0.0, 0.3, 0.0, 13.5, -1.1, 0.0, -5.3, 7.0, -0.4, 0.0, -5.2, 3.4,
5.9, -3.8, 0.0, -1.8, -7.0, -6.2, 9.1, 0.2, 0.0, -3.4, -0.7, -2.1, -7.6,
8.2, -1.8, 0.0, -2.3, -0.1, -0.1, -0.7, -2.7, 9.3, -1.8, 0.0, -2.5,
-6.2, -4.3, 0.3, -7.0, -3.7, 5.9, -1.2, 0.0, -4.8, -0.1, 1.3, -5.3,
-2.4, 0.2, -3.5, 5.5, -2.2, 0.0, -2.9, -6.5, -4.5, 1.9, -6.7, -3.2, 3.0,
-3.4, 5.7, -1.2, 0.0, -1.9, -5.0, -3.1, 1.4, -5.2, -2.1, 2.9, -2.1, 3.4,
7.6, -1.2, 0.0, -3.1, 2.6, 0.5, -4.7, -0.2, 1.5, -4.4, 0.8, -4.8, -3.6,
6.5, -0.1, 0.0, -5.2, -1.9, -1.4, -5.8, -3.0, -2.2, -4.3, -1.6, -3.5,
-4.2, -2.2, 9.6, -0.7, 0.0, -4.2, 0.6, 2.3, -4.1, -2.1, 1.7, -3.2, 2.0,
-2.4, -1.2, 0.5, -0.8, 5.6, -1.6, 0.0, -3.5, -1.6, -0.3, -5.3, -2.1,
0.3, -4.1, 3.5, -3.5, -2.9, -0.4, -2.1, 1.7, 7.1, 1.6, 0.0, -0.2, 0.0,
-0.3, -4.5, -0.1, -0.8, -3.3, -0.4, -3.6, -2.3, 1.1, 0.0, -0.2, -0.9,
4.4, 0.5, 0.0, -1.4, -0.6, -0.8, -3.6, -2.4, -0.8, -1.2, -0.2, -2.4,
-1.1, 0.3, -0.4, -0.4, -0.9, 2.3, 5.0, 0.1, 0.0, -0.6, -4.9, -3.0, -0.8,
-5.2, -3.5, 4.0, -3.0, 1.7, 1.4, -3.8, -3.2, -2.7, -3.4, -2.0, 0.0, 5.3,
-5.5, 0.0, -2.1, -7.8, -6.4, 3.2, -5.5, -1.9, -3.4, -5.4, -2.0, -2.2,
-5.5, -7.4, -4.0, -2.4, -4.7, -5.4, -4.5, 15.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
0.0, 0.0, -3.7, 0.0, -1.3, -4.2, -4.4, 5.6, -6.0, 2.7, -2.0, -3.5, -1.1,
-1.3, -2.2, -4.8, -2.9, -2.9, -2.8, -3.2, -2.4, 3.8, 0.0, 10.0, 0.0,
0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0 }
};
//normalized blosum_62 scoring matrix for computing protein sequence similarity
score_matrix normalized_blosum_62 = {
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
{
0.533333333,
0.133333333,0.533333333,
0.266666667,0.066666667,0.866666667,
0.133333333,0.533333333,0.066666667,0.666666667,
0.2,0.333333333,0,0.4,0.6,
0.133333333,0.066666667 ,0.133333333,0.066666667,0.066666667,0.666666667,
0.266666667,0.2 ,0.066666667,0.2,0.133333333,0.066666667,0.666666667,
0.133333333,0.266666667 ,0.066666667,0.2,0.266666667,0.2,0.133333333,0.8,
0.2,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.066666667,0.266666667,0,0.066666667,0.533333333,
0.2,0.266666667 ,0.066666667,0.2,0.333333333,0.066666667,0.133333333,0.2,0.066666667,0.6,
0.2,0,0.2,0,0.066666667,0.266666667 ,0,0.066666667 ,0.4,0.133333333,0.533333333,
0.2,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.133333333,0.266666667,0.066666667 ,0.133333333,0.333333333,0.2,0.4,0.6,
0.133333333,0.466666667 ,0.066666667,0.333333333,0.266666667,0.066666667,0.266666667,0.333333333,0.066666667, 0.266666667,0.066666667 ,0.133333333,0.666666667,
0.2,0.133333333 ,0.066666667,0.2,0.2, 0,0.133333333, 0.133333333,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.133333333, 0.133333333,0.733333333 ,
0.2,0.266666667 ,0.066666667,0.266666667,0.4,0.066666667,0.133333333, 0.266666667,0.066666667 ,0.333333333, 0.133333333,0.266666667 ,0.266666667,0.2,0.6,
0.2,0.2 ,0.066666667,0.133333333,0.266666667,0.066666667,0.133333333,0.266666667,0.066666667,0.4, 0.133333333,0.2,0.266666667,0.133333333,0.333333333,0.6 ,
0.333333333,0.266666667 ,0.2,0.266666667,0.266666667,0.133333333,0.266666667,0.2,0.133333333, 0.266666667,0.133333333 ,0.2,0.333333333,0.2,0.266666667,0.2,0.533333333,
0.266666667, 0.2,0.2,0.2, 0.2, 0.133333333,0.133333333,0.133333333,0.2 ,0.2,0.2,0.2,0.266666667,0.2, 0.2,0.2 ,0.333333333,0.6,
0.266666667,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.133333333,0.2,0.066666667,0.066666667,0.466666667,0.133333333, 0.333333333,0.333333333, 0.066666667,0.133333333,0.133333333 ,0.066666667, 0.133333333, 0.266666667, 0.533333333,
0.066666667,0,0.133333333,0,0.066666667 ,0.333333333 , 0.133333333, 0.133333333,0.066666667 , 0.066666667, 0.133333333 ,0.2 , 0, 0,0.133333333 ,0.066666667 , 0.066666667 , 0.133333333 , 0.066666667 , 1,
0.266666667,0.2 ,0.133333333 , 0.2 , 0.2 , 0.2 , 0.2,0.2 , 0.2,0.2 ,0.2 , 0.2 , 0.2 , 0.133333333, 0.2 ,0.2 , 0.266666667 , 0.266666667,0.2 ,0.133333333, 0.2 ,
0.133333333,0.066666667 , 0.133333333 , 0.066666667 , 0.133333333 , 0.466666667, 0.066666667,0.4 ,0.2, 0.133333333 , 0.2 , 0.2, 0.133333333 , 0.066666667, 0.2, 0.133333333,0.133333333 ,0.133333333 , 0.2 , 0.4,0.2 , 0.733333333,
0.2,0.333333333 ,0.066666667 ,0.333333333 , 0.533333333 , 0.066666667, 0.133333333, 0.266666667,0.066666667 ,0.333333333 , 0.066666667, 0.2, 0.266666667, 0.2 , 0.466666667,0.266666667 ,0.266666667, 0.2 , 0.133333333, 0.066666667 , 0.2,0.133333333 ,0.533333333
}
};
//normalized blosum_30 scoring matrix for computing protein sequence similarity
score_matrix normalized_blosum_30 = {
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
{
0.407407407 ,
0.259259259 , 0.444444444 ,
0.148148148 , 0.185185185 , 0.888888889 ,
0.259259259 , 0.444444444 , 0.148148148 , 0.592592593 ,
0.259259259 , 0.259259259 , 0.296296296 , 0.296296296 , 0.481481481 ,
0.185185185 , 0.148148148 , 0.148148148 , 0.074074074 , 0.111111111 , 0.62962963 ,
0.259259259 , 0.259259259 , 0.111111111 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.148148148 , 0.555555556 ,
0.185185185 , 0.185185185 , 0.074074074 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.148148148 , 0.148148148 , 0.777777778 ,
0.259259259 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.111111111 , 0.148148148 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.481481481 ,
0.259259259 , 0.259259259 , 0.148148148 , 0.259259259 , 0.333333333 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.407407407 ,
0.222222222 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.333333333 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.333333333 , 0.185185185 , 0.407407407 ,
0.296296296 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.148148148 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.333333333 , 0.296296296 , 0.333333333 , 0.333333333 , 0.481481481 ,
0.259259259 , 0.407407407 , 0.222222222 , 0.296296296 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.555555556 ,
0.222222222 , 0.185185185 , 0.148148148 , 0.222222222 , 0.296296296 , 0.111111111 , 0.222222222 , 0.296296296 , 0.148148148 , 0.296296296 , 0.148148148 , 0.111111111 , 0.148148148 , 0.666666667 ,
0.296296296 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.333333333 , 0.148148148 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.555555556 ,
0.222222222 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.148148148 , 0.296296296 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.37037037 , 0.555555556 ,
0.296296296 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.407407407 ,
0.296296296 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.296296296 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.148148148 , 0.333333333 , 0.444444444 ,
0.296296296 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.148148148 , 0.296296296 , 0.148148148 , 0.148148148 , 0.407407407 , 0.185185185 , 0.296296296 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.111111111 , 0.148148148 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.296296296 , 0.444444444 ,
0.074074074 , 0.074074074 , 0.185185185 , 0.111111111 , 0.222222222 , 0.296296296 , 0.296296296 , 0.074074074 , 0.148148148 , 0.185185185 , 0.185185185 , 0.148148148 , 0 , 0.148148148 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.148148148 , 0.074074074 , 0.148148148 , 1 ,
0.259259259 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.222222222 ,
0.111111111 , 0.148148148 , 0.037037037 , 0.222222222 , 0.185185185 , 0.37037037 , 0.148148148 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.37037037 , 0.222222222 , 0.111111111 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.222222222 , 0.296296296 , 0.444444444 , 0.222222222 , 0.592592593 ,
0.259259259 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.259259259 , 0.444444444 , 0.111111111 , 0.185185185 , 0.259259259 , 0.148148148 , 0.296296296 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.407407407 , 0.259259259 , 0.222222222 , 0.222222222 , 0.148148148 , 0.222222222 , 0.259259259 , 0.185185185 , 0.407407407
}
};
//default nucleotide sequence scoring matrix
//used when -nuc option is used
score_matrix nuc_simple = {
"ABCDGHKMNRSTUVWXY",
{ 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }
//Ribosum85-60
/*
{
2.22,
0, 0,
-1.86, 0, 1.16,
0, 0, 0, 0,
-1.46, 0, -2.48, 0, 1.03,
0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-1.39, 0, -1.05, 0, -1.74, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1.65,
-1.39, 0, -1.05, 0, -1.74, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1.65,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0
}
*/
};
#endif