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Import clinical Synthea cases through editable Excel templates - #54
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astruebi
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astruebi
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September 12, 2026 09:55
astruebi
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6 tasks
| return issues; | ||
| } | ||
| if (!newRoot && state.primary != null && (places || department != null)) { | ||
| if (start.before(state.primary.start()) || (!state.derived && state.primary.end() != null && start.before(state.primary.end()))) |
astruebi
force-pushed
the
codex/52-synthea-diagnoses
branch
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September 16, 2026 17:02
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Ergebnis
Der Docker-Workflow erzeugt aus Synthea bearbeitbare deutsche Excel-Dateien und daraus KDS-orientierte FHIR-R4-Testdaten einschließlich Rückvergleich und Validierungsberichten. Excel und CSV verwenden denselben Java-Konverter. README und Anleitungen beschreiben Docker-Aufruf, manuelle Bearbeitung und Architektur.
Die versionierten Zuordnungen behandeln 333 Diagnose-, 429 Prozedur- und 495 Medikamentenkonzepte des gepinnten Synthea-Standes. Die Prozedurtabelle enthält alle 428 Procedure-State-Konzepte und ein zusätzlich in generierten Fällen vorkommendes CT-Konzept. Medikamente erhalten echte deutsche PZN, deutsche Präparatbezeichnungen, Darreichungsformen, Wirkstoffe und ATC 2026. RxNorm bleibt interner Mapping-Schlüssel. MMI oder Medication Graph werden nicht zur Laufzeit benötigt.
Prozeduren verwenden offizielle OPS-Einzelbeschreibungen. Kombinierte CT-Untersuchungen werden nach Körperregion aufgeteilt; Radiochemotherapie erzeugt Bestrahlungsfraktionen und Chemotherapieblöcke anhand zugehöriger Verabreichungen, Wirkstoffe und Behandlungstage. Aufgeteilte Maßnahmen enthalten keinen kombinierten SNOMED-Zusatzcode. Quell-IDs, Zeitfenster, Excel-Zeilen und synthetische Annahmen stehen im Mappingbericht. In der Krankenhauskohorte steigt die OPS-Abdeckung von 46 auf 390 Zeilen mit 29 verschiedenen OPS-Codes. Nicht belastbar zuordenbare Maßnahmen bleiben mit SNOMED erhalten.
Kontakte entstehen aus Fachabteilung und Ortsangaben; sekundäre OP-/Behandlungskontakte können parallel zum Stationsaufenthalt laufen. Vorlagen enthalten feldbezogene Auswahllisten und explizite Data Absent Reasons. Codes steht als letztes Blatt. AllergyIntolerance und Device werden mit Ressourcen-ID im Verlustbericht ausdrücklich ausgeschlossen. Options- und Zeitfehler werden gesammelt geprüft. Die vorhandene
outputSynthea/converter-options.configbleibt geschützt und wird je Lauf dokumentiert.Unter Linux startet der vollständige Containerworkflow mit UID/GID des gemounteten Ausgabeordners. Dadurch kann dessen Eigentümer private Laufordner lesen und die erzeugten Excel-Dateien bearbeiten. Ein Linux-Regressionstest prüft Lesen, Bearbeiten und Löschen unter einer getrennten Benutzer-ID.
Validierung
mvn test package: 89 Java-Tests und Paketbau bestanden; HAPI FHIR 8.12.1 integriert.Die Validierung meldet bekannte Terminologielücken als
NOT_CHECKEDmit Exitcode 1. Vollständige Terminologiekonformität wird nicht behauptet.Offene Punkte
Der Generator ist für #55 auf
astruebi/syntheamit Commit869182a0a5e54f090066d9fc4a971cf14e3d3dbfgepinnt; die Sicherheitskorrekturen liegen in Synthea-PR #1712. Der lokal aus diesem Commit gebaute vollständige Workflow besteht Import und Rückvergleich. Trivy meldet ohne Ignore-Liste keine HIGH/CRITICAL-Befunde in Java; 113 Debian-Befunde ohne verfügbare Korrektur fallen unter die bestehende CI-Regelignore-unfixed. Keine neuen Ausnahmen oder abgeschwächten Checks. Nach Upstream-Übernahme können Quelle und Pin gemeinsam zurückgestellt werden. Menschlicher Review betrifft synthetische Mappingannahmen, Präparate, Dosierungen, Kontakte und Spaltenbreiten. Lange Beschreibungen sind vollständig in den Zellen gespeichert, können in den unveränderten schmalen Vorlagenspalten aber abgeschnitten erscheinen. Spätere Fehlwert- und Kontaktabschlussstrategien sind zurückgestellt.Refs #52, #55